W 1940 roku nowy administrator ks. Wojciech Lewkowicz podjął inicjatywę budowy nowych organów. 2 listopada 1941 roku zburzony został stary chór, a jego miejsce zajął nowy, murowany, półokrągły, z dębową balustradą, wybudowany według projektu inż. Tadeusza Broniewskiego. Wejście na chór umożliwiły nowe schody ze sztucznego marmuru, a dawna miechownia przerobiona została na kantorię dla śpiewaków. Prace przy budowie organów rozpoczęła w 1942 roku firma Braci Narolskich z Przemyśla: W głosach są one projektowane przez ks. Lewkowicza, a w strukturze zewnętrznej przez inż. Broniewskiego. Mają 35 głosów rzeczywistych. Klawiaturnica posiada trzy manuały i pedał, dwie wolne kombinacje oraz połączenie trzech manuałów według najnowszych wzorów. Organy budowane były przez około 5 lat z przerwami: Za czasów ks. Lewkowicza zdołano wstawić kompletne wewnętrzne urządzenie organów oraz ożywić sześć głosów. Inne głosy sprowadzone czekały na wstawienie ich i uruchomienie, co już zostało dokonane po powrocie proboszcza (W. Opalińskiego w 1947r.). Czas II wojny światowej skutecznie hamował budowę instrumentu. Pierwszy etap zakończył się zapewne wówczas, kiedy w 1944 roku założyciel firmy Emil Narolski został zesłany do łagrów, co uniemożliwiło mu dokończenie dzieła. Dotąd firma zdołała wybudować szafę z prospektem, wiatrownice, miechy, trakturę i stół gry, oraz uruchomić 6 głosów, co w żaden sposób nie wystarczało do używania instrumentu w liturgii. W 1946 roku Emil Narolski zwolniony został z łagrów, przeniósł warsztat z Rokietnicy do Jarosławia i w 1947 roku ukończył kolejny etap budowy organów.
W kontuarze znajdowała się lampka sygnałowa uruchamiana z każdego ołtarza przez celebransa.
Piszczałki metalowe wykonała firma Zygmunta Kamińskiego z Warszawy, również w Warszawie zakupiona została dmuchawa o mocy 3KM. W 1942 roku, mimo iż organy nie były ukończone, koszt prac przy ich budowie wyniósł około 300 tys. zł i był fundowany w całości z ofiar parafian. Pierwotną dyspozycję instrumentu przedstawia załączony fragment inwentarza, prawdopodobnie z lat 60-tych XX wieku, sporządzony przez ks. Jakuba Waltera. W dokumencie zapisano, że:W r. 1956 przeprowadzono rekonstrukcję 31 głosowych organów zamieniając niektóre głosy na nowe i dodając 1 głos języczkowy w pedale Puzon 16’ za cenę 42.000 zł. W latach 1971-72 nastąpiła przebudowa chóru, w związku z czym organy zostały zdemontowane. Ponowny montaż na nowej emporze przeprowadził Bronisław Kaltenbek z synem z Rokietnicy. Mniejsze wymiary chóru wymusiły usunięcie dwóch skrajnych wież prospektowych, a pochodzące z nich piszczałki umieszczone zostały po obu stronach organów i zapełniły powstałe luki. Zmienione zostało usytuowanie kontuaru, który wcześniej odsunięty był od linii balustrady o 45 stopni. Oprócz tego w sekcji Pedału nastąpiła przebudowa. Operacja demontażu i ponownego montażu dały początek nieskończonej liczby awarii organów i zapoczątkowały powolną i niemożliwą do powstrzymania agonię, która trwała aż do 2014 r. Organmistrz wykazał się brakiem jakiejkolwiek estetyki pracy podczas ponownego montażu organów. Kolejny remont instrumentu, w roku 1985, nadzorował ks. Mieczysław Gniady. Dyspozycja uległa zmianie, która polegała zapewne na rozjaśnieniu brzmienia organów poprzez wymianę głosów ośmiostopowych na wyżej brzmiące oraz głosy alikwotowe. Podczas remontu nie przywrócono organów do pełnej sprawności technicznej. Od roku 1985 nie był przeprowadzony żaden remont organów, jedynie pracujący tam organiści we własnym zakresie starali się opanować ciągłe rozstrojenie, awarie mieszków i zacinające się stożki oraz przepuszczające powietrze klapy klawiatur.
J. Bęś, Organy w Kościołach Jarosławia, Lublin 2013