W 1940 roku nowy administrator ks. Wojciech Lewkowicz podjął inicjatywę budowy nowych organów. 2 listopada 1941 roku zburzony został stary chór, a jego miejsce zajął nowy, murowany, półokrągły, z dębową balustradą, wybudowany według projektu inż. Tadeusza Broniewskiego. Wejście na chór umożliwiły nowe schody ze sztucznego marmuru, a dawna miechownia przerobiona została na kantorię dla śpiewaków. Prace przy budowie organów rozpoczęła w 1942 roku firma Braci Narolskich z Przemyśla: W głosach są one projektowane przez ks. Lewkowicza, a w strukturze zewnętrznej przez inż. Broniewskiego. Mają 35 głosów rzeczywistych. Klawiaturnica posiada trzy manuały i pedał, dwie wolne kombinacje oraz połączenie trzech manuałów według najnowszych wzorów. Organy budowane były przez około 5 lat z przerwami: Za czasów ks. Lewkowicza zdołano wstawić kompletne wewnętrzne urządzenie organów oraz ożywić sześć głosów. Inne głosy sprowadzone czekały na wstawienie ich i uruchomienie, co już zostało dokonane po powrocie proboszcza (W. Opalińskiego w 1947r.). Czas II wojny światowej skutecznie hamował budowę instrumentu. Pierwszy etap zakończył się zapewne wówczas, kiedy w 1944 roku założyciel firmy Emil Narolski został zesłany do łagrów, co uniemożliwiło mu dokończenie dzieła. Dotąd firma zdołała wybudować szafę z prospektem, wiatrownice, miechy, trakturę i stół gry, oraz uruchomić 6 głosów, co w żaden sposób nie wystarczało do używania instrumentu w liturgii. W 1946 roku Emil Narolski zwolniony został z łagrów, przeniósł warsztat z Rokietnicy do Jarosławia i w 1947 roku ukończył kolejny etap budowy organów.

W kontuarze znajdowała się lampka sygnałowa uruchamiana z każdego ołtarza przez celebransa.

Piszczałki metalowe wykonała firma Zygmunta Kamińskiego z Warszawy, również w Warszawie zakupiona została dmuchawa o mocy 3KM. W 1942 roku, mimo iż organy nie były ukończone, koszt prac przy ich budowie wyniósł około 300 tys. zł i był fundowany w całości z ofiar parafian. Pierwotną dyspozycję instrumentu przedstawia załączony fragment inwentarza, prawdopodobnie z lat 60-tych XX wieku, sporządzony przez ks. Jakuba Waltera. W dokumencie zapisano, że: W r. 1956 przeprowadzono rekonstrukcję 31 głosowych organów zamieniając niektóre głosy na nowe i dodając 1 głos języczkowy w pedale Puzon 16’ za cenę 42.000 zł. W latach 1971-72 nastąpiła przebudowa chóru, w związku z czym organy zostały zdemontowane. Ponowny montaż na nowej emporze przeprowadził Bronisław Kaltenbek z synem z Rokietnicy. Mniejsze wymiary chóru wymusiły usunięcie dwóch skrajnych wież prospektowych, a pochodzące z nich piszczałki umieszczone zostały po obu stronach organów i zapełniły powstałe luki. Zmienione zostało usytuowanie kontuaru, który wcześniej odsunięty był od linii balustrady o 45 stopni. Oprócz tego w sekcji Pedału nastąpiła przebudowa. Operacja demontażu i ponownego montażu dały początek nieskończonej liczby awarii organów i zapoczątkowały powolną i niemożliwą do powstrzymania agonię, która trwała aż do 2014 r. Organmistrz wykazał się brakiem jakiejkolwiek estetyki pracy podczas ponownego montażu organów. Kolejny remont instrumentu, w roku 1985, nadzorował ks. Mieczysław Gniady. Dyspozycja uległa zmianie, która polegała zapewne na rozjaśnieniu brzmienia organów poprzez wymianę głosów ośmiostopowych na wyżej brzmiące oraz głosy alikwotowe. Podczas remontu nie przywrócono organów do pełnej sprawności technicznej. Od roku 1985 nie był przeprowadzony żaden remont organów, jedynie pracujący tam organiści we własnym zakresie starali się opanować ciągłe rozstrojenie, awarie mieszków i zacinające się stożki oraz przepuszczające powietrze klapy klawiatur.

J. Bęś, Organy w Kościołach Jarosławia, Lublin 2013

Szafa organów jest jednoczęściowa, dwukondygnacyjna, o wyraźnych podziałach. Ma następujące wymiary: gł. 370 cm, szer. 1200 cm, wys. 790 cm. Zajmuje całą szerokość i głębokość chóru muzycznego. Założenie konstrukcyjne było zapewne takie, że na chórze musi być miejsce dla zespołów muzycznych, dlatego na kondygnacji umieszczone zostały sekcje Manuałów, a pod poziomem podłogi Pedał symetrycznie po obu stronach, w efekcie czego powstała spora wnęka. Trzonem wszystkich elementów szaf i wiatrownic są stalowe dwuteowniki, do których mocowane są pośrednie belki utrzymujące podzespoły, zatem szafa nie ma konstrukcji samonośnej. O ile widok z dalszej perspektywy sprawia wrażenie spójności szafy, to dokładne oględziny ujawniają dość swobodne rozmieszczenie segmentów względem siebie. Na dodatek ściany szaf są płaskie i konstrukcyjnie nie tworzą całości, nie otaczają organów i nie tworzą pudła rezonansowego, a sposób ich wykonania jest bardzo prymitywny i wyjątkowo niedbały. Dostęp do wnętrza organów zapewniają drzwi w bocznych ścianach, a na wyższy poziom prowadzą drabiny. Niezwykle interesującymi elementami są kasetony wypełniające sufit wnęki – w każdym znajduje się gwintowane gniazdo na żarówkę. To oryginalne rozwiązanie było w instrumencie od nowości, a służyło zapewne muzykom znajdującym się na chórze. Choć już dawno żarówki zostały zdemontowane, to zachowała się instalacja wewnątrz sufi tu złożona z rozciągniętych przewodów owiniętych na porcelanowych izolatorach. Do usunięcia tego oświetlenia przyczyniło się pewnie spore zużycie prądu oraz nadmierna temperatura wydzielana przez żarówki.
Prospekt jest architektoniczny, w stylu neoklasycystycznym, z licznymi złoceniami, zwieńczony czterema figurami muzykujacych aniołów.
Dla całych organów przewidziano tylko jeden miech pływakowy zasilany od nowości dmuchawą elektryczną. Znajdował się on w zamkniętym pomieszczeniu przyległym do korytarza poza chórem muzycznym. Skrzynka regulacyjna przymocowana była do krótszego boku miecha, a sznurek przechodził przez „szubieniczkę” zamocowaną do obudowy miecha. Powietrze do wszystkich wiatrownic, maszynek i traktury rozdzielane było drewnianym, szerokim kanałem powietrznym, który znajdował się na kondygnacji, a od niego odchodziły mniejsze kanały do urządzeń docelowych. Do maszynek pneumatycznych i fragmentów wiatrownic powietrze doprowadzały ołowiane kanały o okrągłym przekroju. Brak możliwości kalikowania unieruchamia organy w przypadku braku prądu.
Organy miały pięć wiatrownic, wszystkie są stożkowe. Każdy Manuał ma własną wiatrownicę, a sekcja Pedału obsługiwana jest dwiema wiatrownicami ze względu na podział C-Cis. Wiatrownice Manuałów usytuowane były na kondygnacji równolegle do prospektu, pedałowe zaś stały prostopadle nieznacznie pod poziomem podłogi chóru. Układ piszczałek Manuałów był chromatyczny, w każdym przypadku ma kierunek dośrodkowy względem środka prospektu. Zasilanie każdej z sekcji odbywało się jednostronnie od spodu od strony największych piszczałek. Wiatrownice Manuałowe miały 70 tonów, przez co połączenia superoktawowe realizowane były w całym zakresie. Wszystkie piszczałki prospektowe grające. To rozwiązanie zwiększyło ilość miejsca na wiatrownicach i umożliwiło zbudowanie większych kloców np. dla dużych piszczałek drewnianych, które w całości mieszczą się w obrębie wiatrownic. Wnikliwe oględziny wiatrownicy Manuału I prowadzą do następującego wniosku: Mixtura miała własną wiatrownicę i dwustopniowy relais sterujący, który podłączony był ołowianymu rurkami do listew z mieszkami pod wiatrownicą. To rozwiązanie mogło być skutkiem dodania tego głosu już na etapie pierwszego montażu organów i odbyło się w bardzo pracochłonny i nieekonomiczny sposób. Wszak wystarczyło dobudować jedną kancelę ze stożkami i przedłużyć już istniejące listwy tak, by obsłużyły jeszcze po jednym mieszku na każdy ton. Zauważalną wadą wiatrownic Braci Narolskich są braki powietrza, spowodowane nieprzemyślaną konstrukcją i jednostronnym zasilaniem.
Organy w całości sterowane były pneumatycznie, z zastosowaniem skomplikowanych rozwiązań, które powodowały niezliczone awarie uniemożliwiające bezproblemowe korzystanie z instrumentu. Pierwszy etap traktury znajdował się w kontuarze i był systemem opróżniającym. Różnica ciśnienia w zamkniętym systemie, spowodowana naciśnięciem klawisza, a w konsekwencji opróżnienie wypełnionego powietrzem małego, walcowatego mieszka złożonego z dwóch krążków szczelnie zespolonych ze sobą skórką, otwierała drogę dla powietrza tłoczącego do dalszej ścieżki traktury. Powietrze ołowianymi konduktami docierało do dwustopniowych relaisów, by unosić mieszki znajdujące się pod stożkami. Długość konduktów i mnogość zespołów pośrednich powodowały duże opóźnienie w działaniu traktury. Tony znajdujące się bliżej kontuaru odzywały się szybciej niż te bardziej oddalone. Wspomniana wcześniej dobudowana wiatrownica Mikstury już teoretycznie zwiastuje ospałe działanie spowodowane najdłuższą drogą traktury. Na etapie tłoczącym przechodzi przez dwa relaisy dwustopniowe, przez co do odezwania się jednego tonu muszą zadziałać aż cztery mieszki. Podczas obserwacji działania traktury widać, jak powolnie i w różnorodny sposób działa ten system, a jakiś dźwięk Mikstury odezwać się może tuż po zwolnieniu nacisku na klawisz, bądź wcale. Maszynki pneumatyczne obsługujące piszczałki prospektowe działały w podobny sposób. Stożek danej piszczałki, otwarty za pośrednictwem traktury z podwójnym relaisem nie powoduje bezpośrednio zadęcia odpowiedniej piszczałki, a jest jedynie zaworem sterującym do małej wiatrownicy, tzw. maszynki, która wyposażona w podwójne zawory otwiera dostęp powietrza do piszczałki. Powietrze zasilające maszynki w środkowej części prospektu doprowadzone było szerszymi, ołowianymi konduktami, które wychodzą z relaisów Manuałów I i III [sic!]. Zasilanie pól piszczałkowych Pedału pochodziło z osobnych drewnianych kanałów. Na ścieżce traktury każdej piszczałki umieszczonej w prospekcie również znajdują się cztery mieszki. Przy okazji tego wyliczenia łatwo wyobrazić sobie konsekwencję uszkodzenia choćby jednego mieszka. Powietrze w maszynkach prospektowych jest stale, niezależnie od włączonych głosów, zatem usterka (zacięcie się zaworu) powoduje ciągłe granie piszczałki i konieczna była interwencja przy maszynce. Traktura rejestrowa tłocząca jest typowym rozwiązaniem, choć w kontuarze działała także na zasadzie opróżniającej. Dla Pedału podzielonego stronami traktura rejestrów znów się komplikuje, gdyż jeden włącznik obsługuje dwa zawory rejestrowe. Nieszczelne albo podeptane kondukty od rozgałęzienia traktury powodowały, że czasem grała tylko połowa piszczałek, a reszta uruchamia się po chwili lub wcale (szczególnie głos Puzon 16’). Traktura połączeń międzysekcyjnych wykorzystywała zestaw membranek, które dociśnięte zagęszczonym powietrzem uniemożliwiały przedostawanie się pod klawisz powietrza, które należy wypuścić podnosząc klawisz, aby uruchomić zawór sekcji, z której następuje połączenie.
Kontuar był wolno stojący, organista zwrócony jest lewą stroną do ołtarza. Na chórze kontuar ulokowany był po prawej stronie (patrząc z dołu kościoła). Stół gry miał imponujące rozmiary, gdyż krył w sobie skomplikowany system upustowy i trzy manuały, każdy o zakresie C-a3 i pedał z zakresem C-f1. Zamykany był solidną roletą. Nad klawiaturami w półokręgu rozmieszczone były włączniki głosów w postaci poziomych klapek, opisane okrągłymi tabliczkami zakrytymi szybkami z tworzywa. Nad każdym włącznikiem znajdowały się przyciski dwóch wolnych kombinacji. Wyłączniki głosów rozmieszczone były grupami wg sekcji (jeden głos III Manuału był w grupie głosów II Manuału) od strony lewej: Manuał I, Manuał II, Manuał III, Pedał, Połączenia. Kolejność głosów w obrębie grup była nielogiczna i wynikała nie tylko z przeprowadzonych zmian, lecz musiała być taka od czasu powstania instrumentu. Wyłącznik dobudowanego głosu Puzon 16’ znajdował się pod klawiaturami. Centralnie pomiędzy włącznikami zamocowany był wskaźnik zegarowy pokazujący aktualny stan położenia pedału crescendowego, wyskalowany jest jak tarcza zegarka, więc jego wskazania nie były adekwatne do liczby włączonych głosów. Niewyjaśniona jest obecność owalnego otworu pod opisanym zegarem, być może znajdowała się tam niegdyś żarówka, o której jest wzmianka w historii tego instrumentu. Zdobiony pulpit zawierał inicjały budowniczych: BN. Pod manuałami znajdowały się włączniki rejestrów zbiorowych, wolnych kombinacji i części urządzeń dodatkowych oraz głosu językowego. Klawiatura nożna miała układ promienisty, płaski i była niezbyt wygodna do gry. Nad nią umieszczone były trzy pedały, z tego prawy i środkowy nie działał, gdyż usunięto z instrumentu szafy ekspresyjne Manuału II i III z powodu nadmiernej awaryjności systemu, zaś lewy obsługuje crescendo, które również nie działa z powodu zaniedbania. Na poziomie pedałów po lewej stronie pozostały cztery otwory po dźwigniach nożnych. Dostęp do kontuaru od strony przedniej zapewniał dekiel, a z tyłu znajdują się dwuskrzydłowe drzwi bez zawiasów wpuszczone w wycięcia w ramie kontuaru. Z przodu kontuaru pod klawiaturami rzucało się w oczy urządzenie crescendo skonstruowane w oparciu o drewnianą listwę poruszającą się w wyklejonych filcem prowadnicach. Sukcesywne pochylanie pedału obracało wałek, który pociągał za sznurki przewinięte przez krążki, a te unosiły listwę (z obu stron), która uruchamiała kolejne głosy. Wnętrze od tylnej strony kontuaru wypełniała ogromna liczba rurek, maszynek pneumatycznych i poprzecznych listew kryjących membranki połączeniowe. Powyżej znajdowały się końce klawiszy, do których zamocowane były druty pociągające za klapki opróżniające. Najważniejszym punktem zapewniającym szczelność traktury wewnątrz kontuaru były wymienione klapki. Musiały szczelnie zakrywać otwory, aby nie dochodziło do niekontrolowanych ubytków powietrza. Nieszczelność spowodowałaby stałe granie jednego tonu. Kluczem do poprawności działania klapek była odpowiednia skóra, a wtedy, aby nie zdarzały się ubytki powietrza zamontowane były nowe sprężyny do klawiszy, które powodowały tak duży opór, że z wielkim trudem można było cokolwiek na tych organach zagrać.
Organy miały 33 głosy, trzy Manuały i Pedał. W Manuale III głos Vox coelestis działał w połączeniu z głosem Eolina, natomiast głos Tercjan powstawał z jednoczesnego uruchomienia głosów Pikolo i Tercja, tak więc były 32 realne zestawy piszczałek. Połączenia superoktawowe były kompletne.